クリニック開業の税金対策徹底解説！税金の種類を理解しよう

1．なぜ開業時から税金対策が必要なのか？

なぜ開業時から税金対策が必要なのか？

クリニック開業を考える際、多くの医師が診療内容や物件、内装などに注力しますが、「税金対策」は後回しにされがちです。しかし、実際には開業前から税務の知識を持っておくことで、将来の節税や資金繰りの安定に大きな差が出ます。

節税と経営安定の関係

税金は、クリニック経営において避けて通れない固定的な支出のひとつです。売上が増えれば税負担も増加し、収益を圧迫します。逆に、適切なタイミングで必要な経費を計上し、正しい節税対策を講じることで、手元に残る利益を最大化できます。

たとえば、医療機器の導入や内装工事を年度末に集中させることで、当該年度の利益を圧縮し、翌年以降の税負担を抑えることができます。このように「節税＝利益の防衛策」という認識が重要です。

税務の知識不足が招くリスク

開業医が税務の知識を持たずに開業すると、以下のようなリスクに直面します。

経費として計上できる支出を見逃す
消費税や予定納税の支払いで資金が圧迫される
税務署の調査で思わぬ追徴課税を受ける

税金は「知らなかった」では済まされません。開業と同時に事業主となる以上、基本的な税務知識は必須です。とくに開業初年度は収支の変動も大きいため、事前に対策を立てておくことで、資金繰りに余裕を持たせることができます。

2．クリニックが対象となる主な税金の種類

開業後のクリニックは、個人事業主または法人として、さまざまな税金を納める義務があります。ここでは、開業医が知っておくべき主な税目を整理します。

所得税・法人税

所得税は個人開業の場合に発生します。年間の所得に応じた累進課税で、最高税率は45％にも及びます。

一方で法人税は法人設立（医療法人など）の場合に発生し、原則として一定の税率で課税されます。

事業所得が増えると、所得税の負担が急増するため、一定以上の利益が出るようになった段階で法人化を検討するケースも多いです。

消費税

開業から2年間は免税事業者となる場合が一般的ですが、3年目以降は年間売上が1,000万円を超えると課税事業者になります。

診療報酬（保険診療）は非課税ですが、自費診療や物販、インフルエンザなどの予防接種は課税対象となります。免税期間の活用法や、自費診療比率とのバランスを考えた節税対策が求められます。

住民税・事業税

住民税は所得に応じて課され、所得税と並行して納付が必要です。

また、事業税は、医師業においても対象になる可能性があります。一定の所得を超えた場合に発生するため、利益が出た段階での対応が必要です。

特に開業医は毎月のキャッシュフロー管理が重要なため、税金の発生時期と額を見通しておくことが資金計画の精度を左右します。

3．開業初年度に知っておきたい節税ポイント

開業初年度は、支出が先行して利益が出づらい反面、節税のチャンスが多く存在する時期でもあります。ここでの対応が、その後数年間の財務体質に影響するため、重要なポイントを押さえておくべきです。

経費として落とせる支出とは？

開業準備から発生する費用の中には、「開業費」「創立費」「繰延資産」として処理できるものがあります。

開業前に計上できる主な経費

事務所・物件の契約費用
コンサルタント・税理士への支払い
交通費・打ち合わせ費用
研修費・開業セミナー費
内覧会・チラシ等の広報費

これらは「開業費」として繰延資産に計上し、数年にわたって償却することが可能です。開業費を一括で経費計上するか、分割償却するかは、当期の利益見込みによって判断します。

青色申告の活用

個人開業の場合、青色申告を選択することで以下のようなメリットがあります。

最大65万円の特別控除が受けられる
赤字を3年間繰り越せる
家族への給与を経費にできる（専従者給与）

ただし、帳簿の整備や確定申告の提出が必要となるため、会計ソフトの活用や税理士との連携が欠かせません。

減価償却の基本知識

高額な医療機器や内装工事費などは、一度に全額を経費計上できず、数年間に分けて償却する「減価償却」の対象になります。

例：

内装費：　10年償却
医療機器：　5〜8年償却
パソコン・事務機器：　4〜5年償却

この償却計画をうまく調整することで、利益を抑え、税負担を分散させることが可能です。

4．法人化すべきか？個人開業との税制比較

クリニックを開業する際、多くの医師が悩むのが「個人開業と法人化、どちらが良いか」という点です。税金対策の観点から見ると、所得の規模に応じて法人化が有利になるケースが増えてきます。

個人事業と法人の基本的な違い

区分	個人事業主	法人（医療法人など）
税の種類	所得税（累進課税）	法人税（一定税率）
税率	最大45％	一律約23.2％（中小法人）
経費処理	制限あり	範囲が広い
所得分散	限定的	役員報酬・家族社員で分散可能
社会保険	任意加入	強制加入

個人開業の場合、売上や所得が一定水準を超えると累進課税により税率が上昇しますが、法人化すると一定税率で安定した税負担となるため、年間所得が1,000万円〜1,500万円を超えるあたりから法人化を検討する価値が出てきます。

法人化のメリットとデメリット

メリット

税率の抑制（高所得でも安定）
所得分散による節税（配偶者や親族に役員報酬）
退職金制度の活用が可能
節税範囲が広がる（交際費・社宅・福利厚生費など）

デメリット

設立・運営コストがかかる
毎年の決算・登記義務が発生
社会保険加入義務による負担増

将来の売上見込みやライフプラン、社会保険の負担も含めて、総合的に判断することが重要です。税理士や経営コンサルタントの助言を受けながらタイミングを見極めましょう。

5．医療機器・内装など大きな支出を節税に活かす

クリニック開業時には、内装や医療機器といった高額な設備投資が必要です。これらの支出は節税対策の中心的な要素となります。正しい会計処理を行うことで、課税所得を抑えつつ経営基盤を整えることができます。

減価償却と一括償却の違い

減価償却：耐用年数に応じて費用を分割計上（医療機器・内装など）

一括償却：一定金額以下の設備は、一度に経費処理可能（取得価額30万円未満）

たとえば、500万円のレントゲン機器は7年間で償却すると、毎年約71万円を経費として計上できます。一方、パソコンなど10万円程度の備品は、購入年に全額経費にすることで、即時の節税効果を得ることが可能です。

リースとの違いと活用法

医療機器はリース契約で導入するケースも多くあります。リース料は毎月の支出となり、原則すべて経費処理が可能です。大きな初期投資を避けたい場合や、設備の更新頻度が高い分野ではリースの活用が節税とキャッシュフロー安定の両面において有効です。

購入とリースの比較

項目	購入	リース
初期費用	高額（まとまった支出）	低額（毎月定額）
節税効果	減価償却で分割	月額全額が経費
所有権	あり	なし

設備投資の方法ひとつで税額が大きく変わるため、収支見通しをもとに判断しましょう。

6．節税につながる経費の考え方と注意点

節税を効果的に進めるには、どの支出が経費になるのかを正確に理解する必要があります。医療機関の場合、経費として認められる範囲は比較的広いですが、注意点も多く存在します。

経費として認められる支出の例

スタッフの人件費（給与・社会保険料）
広告宣伝費（Web広告・チラシ・看板制作費）
通信費・水道光熱費・消耗品費
研修費・セミナー参加費
コンサルタント報酬
医師会の年会費・学会費

これらは日常的に発生する支出であり、漏れなく記録し、適切に帳簿へ反映させることが重要です。

税務署に否認されやすい経費とは

一方で、「経費として認められると思っていたが、実は否認されやすい支出」もあります。以下のような支出には注意が必要です。

自家用車のガソリン代（業務使用との区分が不明確）
プライベート旅行を兼ねた学会参加費（経費性が不明）
家族への過剰な報酬（業務内容が曖昧な場合）

これらは、領収書があっても「業務との明確な関連性」が求められます。開業医としての信頼性を保つためにも、税務調査に耐えうる証拠（契約書・スケジュール・記録等）を残すことが肝要です。

7．節税対策として活用したい専門家との連携

税務対策を成功させるためには、医療業界に詳しい専門家との連携が欠かせません。税法は年々改正が行われ、最新の知識を常にキャッチアップしていなければ、有効な節税手段を逃してしまう可能性があります。

税理士・会計士と顧問契約するメリット

開業医にとって、税理士との顧問契約は「経営の伴走者を持つ」ことと同義です。以下のようなサポートが期待できます。

会計帳簿の作成と節税のアドバイス
開業前の資金調達や設備投資のアドバイス
税務署対応（申告・調査対応）
法人化のタイミングの検討
年間の税金予測と納税スケジュールの管理

特に開業初年度は、税務手続きだけでなく補助金や助成金の申請にも関与できる税理士がいると、経営の不安が大きく軽減されます。

医療業界に強い税理士の見分け方

医療業界には独自の会計処理や税務特性があります。以下のポイントを満たす税理士は、クリニック開業における有力なパートナーとなり得ます。

医療法人・個人診療所の顧問実績がある
診療報酬の処理・減価償却など業界特有の処理に精通している
融資や事業計画書作成のサポート経験がある
医療系コンサルタントや開業支援会社と連携している

税理士の力量は、節税の“アイデア”に表れます。面談時には、具体的な節税事例や過去の支援実績について質問してみると良いでしょう。

8．まとめ　節税は開業準備から始まっている

クリニックの開業は、医師としてのキャリアにとって大きな転機であり、同時に経営者としての責任も始まるタイミングです。その中でも「税金」は見落とされがちですが、経営の根幹に関わる重要な要素です。

税務の知識が不足していると、せっかくの売上が税負担によって消えたり、資金繰りが悪化するなど、経営に深刻な影響を及ぼします。逆に、開業前から適切な節税対策を講じることで、手元に残る利益を増やし、将来の成長資金へと回すことができます。

ポイント：

自分のクリニックが対象となる税金を把握する
設備投資や経費の処理方法を理解する
医療業界に強い税理士と連携する
法人化のタイミングを見極める
会計記録や帳簿を日常業務の中で継続的に整備する

税務対策は一度きりの判断ではなく、開業後の経営環境や売上の変化に応じて見直しが必要な“継続的な取り組み”です。たとえば、年度によっては経費の比率や償却資産の追加、所得分散の調整などを検討する必要があります。

また、税務の問題は医師一人で抱え込むのではなく、信頼できる税理士・パートナーと情報を共有し、毎年の収支と納税計画を一緒に見直すことが、長期的な安定経営につながります。

節税は単なる「コスト削減」ではなく、「利益とキャッシュフローを守るための戦略」です。早期に着手するほど、その効果は大きくなります。数字に強い経営を目指し、信頼できるパートナーとともに、一歩ずつ準備を進めていきましょう。

無料相談のご案内｜クリニック開業をトータルサポート

メディシーでは、物件探しから開業後のフォローまでを一貫して支援する「ワンストップ型」のクリニック開業支援を提供しています。

これまで多数のクリニック開業を支援してきた実績をもとに、個別状況に応じた最適なアドバイスを行っています。初期構想から開業後の運営まで、すべてのフェーズで伴走支援が可能です。

「どこに相談すればいいか分からない」「本業が忙しくて準備が進まない」「立地選定に自信がない」「機器の選び方がわからない」「資金計画が不安」…
そんな方は、まずは無料相談から始めてみてください。

一人で悩まないことも重要です。信頼できるパートナーとともに計画を立てることで、開業成功率は格段に高まります。

診療圏調査と立地選定

開業地の選定は、将来にわたって患者数を左右する重要なポイントです。将来的な集患を見据えたエリア調査を実施し、競合状況や人口動態を分析。最適な立地選びをサポートします。

資金調達・事業計画支援

収支シミュレーションを含む事業計画の策定から、銀行融資や助成金の相談対応まで、安心してスタートできる体制を整えます。

建築相談

クリニックの理念やコンセプトに基づいた、内装プラン・レイアウトの提案ができる、医療機関を中心に手掛けている業者をご紹介いたします。
専門業者であるので、患者様やスタッフの導線を考えたレイアウトになり、居心地のよい・仕事の効率のよい理想のクリニックができあがります。

医療機関の広告は、医療法などの規制を受けており、内容についても保健所などから指導があります。しかし、クリニックの存在を地域の方々に認知していただかないと、集患に繋がらないので、開業時の広告は必須です。
広告宣伝の方法もパンフレット・チラシ・駅看板や電柱広告など多岐に渡りますが、その中でもホームページは、医院側から情報発信できる有効な広告媒体なので、ホームページの開設はおすすめしております。